弥生時代では、遺跡から出土する犬の骨格も縄文期とは異なっている。また現代の日本列島在来犬のDNA解析によると、北海道と沖縄の在来犬は南方系の系統で近縁だが、その中間地帯の本州、四国、九州の在来犬は北方系の系統の犬に由来するとする研究結果が報告され、またこの時代はその犬の解体遺棄された骨格の出土例の報告が多くなる。
この為、日本に犬食文化が伝播したのは、縄文文化と別の特徴を持つ弥生時代からと見る意見が多い。弥生時代には大陸からの渡来人（ここでは弥生人を指す）により稲作文化や金属器などが日本に伝来しているが、これに伴い大陸由来の犬食文化が伝来した可能性が考えられている。
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『日本書紀』天武天皇5年（675年）4月17日のいわゆる肉食禁止令で、4月1日から9月30日までの間、稚魚の保護と五畜（ウシ・ウマ・イヌ・ニホンザル・ニワトリ）の肉食が禁止されたことから、犬を食べる習慣があったことはあきらかである。また、長屋王邸跡から出土した木簡の中に子供を産んだ母犬の餌に米を支給すると記されたものが含まれていたことから、長屋王邸跡では、貴重な米をイヌの餌にしていたらしいが、奈良文化財研究所の金子裕之は、「この米はイヌを太らせて食べるためのもので、客をもてなすための食用犬だった」との説を発表した。以後たびたび禁止令がだされ、表面上は犬食の風習を含め、仏教の影響とともに肉食全般が「穢れ」ることと考えられるようになった。
大内教弘が15世紀中頃に公家や文人墨客をもてなし、大内文化の舞台となった大内氏当主の別館・築山館跡の発掘調査では、食用に供されたとみられる犬や亀などの切断された骨が2006年に出土した。このことから、上流階級でも食材としての犬が存在していたことが確認された。しかし、同時に「神の御使」とこの地域でされていた亀なども出土したことから、明や朝鮮などの交易の場でもあり「外国人専用」だったのかもしれないと山口市教育委員会は考察しており、日本人の間で習慣としてあったのかまでは不明とされている。